2012年12月26日，卫生部、上海市政府召开了2012年度部市合作领导小组会议，会议讨论了2013年部市合作内容，共涉及12项议题，其中筹建中国热带病防治研究中心议题被列为第1项。卫生部部长陈竺、上海市委副书记、代市长杨雄出席会议并作重要讲话，上海市沈晓明副市长主持会议。

2012年卫生部、上海市积极落实部市共建寄生虫病所协议的各项任务，卫生部积极与中编办协调寄生虫病所加挂“中国热带病防治研究中心”牌子有关事宜；上海市将共建共管寄生虫病所工作内容纳入上海市加强公关卫生体系建设三年行动计划，落实配套经费，上海市发改委原则同意安排中国热带病防治研究中心（筹）项目建设用地。

会议就2013年中国热带病防治研究中心筹建工作进行了认真讨论，明确了工作重点，促进了中国热带病防治研究中心进程，为寄生虫病所实现跨越式发展打下了基础。