继第五轮中国全球基金疟疾项目于2006年7月11日于北京启动后，经反复磋商与修改，《第五轮中国全球基金疟疾项目前两年工作计划》、《第五轮中国全球基金疟疾项目督导与评估计划》、《第五轮中国全球基金疟疾项目采购与供应管理计划》均得到了全球基金总部的批准，项目于2006年10月1日起正式开始执行。

项目涉及的6个项目省分别于2006年10月13日至10月25日召开了包括各项目县卫生行政领导、县疾控部门负责人、项目主管人员及财务人员参加的项目启动暨管理培训会。

各省卫生厅分别与各县卫生局签署了项目协议书，国家项目办成员就项目管理、工作计划、督导方案、项目报表及财务报表等进行了讲解和培训。第五轮中国全球基金疟疾项目至此全面启动。项目为期5年，共2期，I期从2006年10月1日至2008年9月31日。项目通过发放蚊帐、培训乡村医生、宣传教育、治疗现症病人、对上年度间日疟病人的休止期治疗、主动病例侦查、暴发点及时处理及加强项目管理等活动，达到遏制中国中部地区疟疾回升并减轻中部和南部贫困地区疟疾负担的总体目标。