第五轮中国全球基金疟疾项目《遏制中国中部地区疟疾回升并减轻中部和南部6省贫困地区疟疾负担》于2005年12月获全球基金批准，并于2006年7月11日正式启动。

项目预期执行五年（2006年7月1日至2011年6月30日），总预算39,410,396美元，其中一期项目执行两年（2006年7月1日至2008年6月30日），预算为20,052,630美元。

项目覆盖我国云南、海南、河南、湖北、安徽和江苏6省121县1813乡镇，直接受益人群约6400万人，其中1900万为疟疾高危人群。项目总目标为遏制中国中部地区疟疾回升并减轻中部和南部6省贫困地区疟疾负担，预计到2011年项目执行结束时与基线相比，云南省和海南省疟疾报告发病率（包括确诊病例和临床诊断病例）下降50%，项目6省疟疾调查发病率、死亡病例数和暴发点数分别下降50%，从2008年到2011年海南省各项目县确诊恶性疟发病率维持在0.1/1000以下。

根据中国疾病预防控制中心（中央执行机构PR）与全球基金签署的项目协议，在中国全球基金国家协调委员会（CCM）和全球基金代理机构（LFA）的领导下，在各级卫生行政部门的支持与监督下，由PR、国家疟疾项目办与项目省、县项目办和合作伙伴单位具体负责项目的组织实施工作。

第五轮中国全球基金疟疾项目紧紧围绕预防、诊断和治疗、监测和应急处理等 3个策略重点，采取以青蒿素为基础的联合用药（ACTs）、快速诊断试条（ RDTs）和长效蚊帐（LLINs）等新技术措施，进一步加强了多部门合作，将全面提高项目地区疟疾防治与管理能力，为实施《 2006-2015年全国疟疾防治规划》提供强有力的支持和补充，为我国在发展中国家率先控制疟疾树立典范奠定坚实的基础。