为进一步落实《海峡两岸医药卫生合作协议》精神，2013年4月17-18日，“第三届海峡两岸寄生虫病学术研讨会”在南京医科大学召开。会议由中国疾控中心寄生虫病所和台湾寄生虫学会主办，南京医科大学承办。国家卫生和计生委雷正龙副局长、王立英处长；台湾寄生虫学会黄高彬理事长；南京医科大学张竹繁、沈洪兵副校长；中国疾控中心寄生虫病所周晓农所长出席会议并发言致辞。来自科研院所和大专院校的20余名台湾学者和80余名大陆学者参加了会议。

两岸学者在寄生虫病防治策略与流行病学研究、基础研究和新技术应用等领域，共同交流了两岸寄生虫病防治研究的历史和进展，深入探讨了“寄生虫研究对生命科学发展的历史贡献”以及双方共同关心的食源性寄生虫病、机会性寄生虫病、输入性寄生虫病和虫媒等方面的防治研究问题。会议本着平等合作、互利互惠原则，相互借鉴，互通有无，进一步促进了两岸寄生虫病防治研究的学术交流，并就今后在两岸寄生虫学名词互译、实验室与学者互访等方面开展进一步合作达成共识。

会议决定今后每两年举办一次研讨会，第四届研讨会拟于2015年在台湾成功大学举办。前两届研讨会分别于2003年、2011年在台北和台南举办。